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L'univers de Fabula Nova Crystallis est divisé en deux : le Monde visible, où résident les vivants, et le Monde invisible, celui des morts. L'origine de la mythologie prend place quand le dieu Bhunivelze tue sa mère, Mwynn, afin de prendre le contrôle complet du Monde visible pour lui-même, et que Mwynn est ainsi envoyée dans le Monde invisible.
Malgré la réalisation de son objectif de contrôle total du Monde visible, Bhunivelze s'inquiète de ce qu'il croit être une malédiction que Mwynn aurait placée sur le royaume des vivants afin qu'il soit un jour détruit. Pour mettre un terme à la malédiction, Bhunivelze cherche à détruire sa mère définitivement, mais se trouve incapable d'atteindre le Monde invisible sans renoncer au contrôle du Monde visible. Bhunivelze crée alors le fal'Cie Pulse, chargé de chercher la porte du Monde invisible.
Afin d'aider Pulse, Bhunivelze crée rapidement le fal'Cie Etro, mais découvre trop tard qu'il lui a involontairement donné les traits de Mwynn. Bhunivelze décide alors de ne donner aucun pouvoir à Etro. Pour remplacer Etro, Bhunivelze crée le fal'Cie Lindzei, chargée de protéger le monde et Bhunivelze lui-même. Laissant ces fal'Cie en charge du monde, Bhunivelze se plonge alors dans une stase cristalline profonde, de laquelle il ne doit être sorti que lorsque la porte du Monde invisible a été trouvée.
Voyant que Pulse et Lindzei ont été chargés d'une tâche à accomplir, alors qu'elle-même n'a ni but ni pouvoir sur le monde, Etro plonge dans une grande détresse. Elle finit par se suicider de désespoir, et disparait du monde visible ; de son sang versé, l'humanité naît et grandit. Etro partage ainsi un lien avec ces créatures qu'elle a créées inconsciemment et qui, comme elle, sont destinées à mourir.
Dans le Monde invisible, Etro découvre Mwynn, en train d'être consumée par une étrange masse d'énergie connue sous le nom de Chaos, un sous-produit de la création des fal'Cie par Bhunivelze. Dans un dernier souffle, Mwynn charge Etro de protéger l'équilibre de l'univers, car si l'équilibre entre les Mondes visible et invisible devait être perturbé, l'univers lui-même s'effondrerait. Etro apprend alors que la mort du Monde visible, redoutée par Bhunivelze, n'est en fait pas une malédiction mais un aspect du destin.
Néanmoins, cette requête de Mwynn est noyée dans l'action de Chaos, et Etro ne la comprend pas. Etro devient alors solitaire, bien que remplie d'affection pour les humains, qui ne vivent que pour mourir. Elle place un morceau de Chaos au sein de chaque être humain, morceau qui devient leur « cœur », afin que tant que les humains continuent à naître et mourir, l'univers reste en équilibre.
Dans le même temps, Pulse continue de concevoir le monde comme bon lui semble, alors que Lindzei protège le monde. Beaucoup d'humains, en conséquence, se mettent à vénérer (et pour certains, à abhorrer) ces fal'Cie comme des dieux. Etro, quant à elle, devient connue comme déesse de la Mort, qui attend chaque être humain pour l'accueillir lors de son passage vers le Monde invisible. Pendant ce temps, Bhunivelze continue à dormir.